1- No. Al instalar el firm se pierde el Root. Y hay que volver a hacerlo.
2- Hay muchas aplicaciones para el tema de la copia de seguridad de la Apks. Incluso desde la aplicacion Ajustes, desde la pantalla de Android, creo que tambien permite realizar copia de seguridad.
Yo he usado una no muy conocida, pero si muy efectiva y facil de usar.
Para ello necesitamos una unidad externa conectada, formateada en Fat32.
Estos son los pasos que yo hago :
He usado la aplicacion Android Assistant
http://android-assistant.uptodown.com/android/descargarLa abrimos y vamos a herramientas / hacer copia de seguridad y seleccionamos todas y pulsamos en respaldo.
En apenas un minuto estara realizada la copia de seguridad, la guardamos en la unidad que usemos normalmente.
Despues de realizar la instalacion del firm o del recovery. Usamos el File manager para llegar a la aplicacion Android Assistant e instalarla.
Para ello vamos a la carpeta de descarga o a la ubicacion donde hayamos guardado la apk y la instalamos.
La ejecutamos y vamos a herramientas / hacer copia de seguridad , seleccionamos todos y le damos a recuperar.
Y ya nos ira reinstalando apk tras apk simplemente pulsando listo en cada una.
Quizas otros compañeros usen otra aplicacion y sea incluso mas facil de usar . Pero bueno a mi esta me va bien y el proceso a realizar es sencillo.
Salu2