Copia se mi wince autoradio.

Entro con el explorador en SD a mi wince todas las carpetas.
 Podría hacer una copia de seguridad?

La copia de seguridad del sistema operativo Windows CE:
Es un tema complejo...Puedes leer algo en este post #28, para que lo entiendas, mejor leer todo el hilo, en este momento yo ya no tengo disponibilidad para estes temas.

La copia de seguridad del software de la radio:
Es lo mas sencillo, sacas la tarjeta, la conectas al PC y solo hay que copiar y pegar en  tu ordenador.

Tambien se puede hacer la copia de seguridad de todos los archivos desde WinCE, te dejo un ejemplo de un pionner:
(No hagas caso al tesmode ni a la firmware, Pionner es una radio muy compleja, el video es solo para que veas como se hace la copia de seguridad):

Cómo podría instalar aplicaciones en la raíz del wince de mi autoradio?

El compañero funcy2, tendrá muchas app para WinCE y es la mejor persona para explicarte, pero toma en cuenta que no se compara en nada a las app de hoy, comparando con las app de android o iphone, entre otros sistema operativos.

Donde podéis descargar skins para modificar mi autoradio me parece muy sosa o modificar la de fábrica.
He buscado y gogleado mucho y no encuentro nada.

Sobre los menus(yo le llamo skins) de fabrica de la radio:
Hay o ¡¡¡habia!!! un usuario italiano que vendia software para cambiar los butones del firmware de de los menus de las radios de fabrica, es un tema muy complejo...pero primero hay que tener la firmware original del fabricante.

Sobre los menus(yo le llamo skins) personales de los foros para GPS o para 2DIN:
Este tipo de menus no cambian nada al original, es un añadido personal o un extra, llamale como tu quieras, para gustos, los colores.
Bueno, largas han sido las horas en el ordenador haciendo menus, hay por el foro algunos, hay varios tipos de plataformas, lo más sencillo es la plataforma systeminformation de Daniel Schumann, ya no hay informacion oficial en la red, hay muchas paginas que han cerrado sobre app(juegos, utilitarios, etc) para WinCE, no sé si hay algun tutorial en este foro, te dejo este paquete con 4 manuales en Español(los autores , ya no me acuerdo, son de foros que han cerrado), son manuales con 13/14 años:

De menus lo que te haga falta, hay mucho contenido aqui parado en ordenador, se te interesa ya te pasaré butones(iconos), Backgrounds(fondos), los programas de imagen y para iconos y todo lo que tengo todavia por aqui en los discos duros.